Ausgrabungen zeigten, dass bereits in romanischer Zeit eine Kapelle stand, die später noch vergrössert wurde. Walter von Hallwyl liess 1497/98 die jetzige Kirche mit dem markanten Turm bauen.
Einmalig für eine Kirche dürfte der Umstand sein, dass sie sich während langer Zeit in wechselndem weltlichem Besitz und Eigentum befand:
Während mehreren Jahrzehnten wurde die Kirche zweckentfremdet und schlecht unterhalten.
1933 erfolgte eine umfassende Renovation, so dass seither wieder kirchliche Anlässe darin durchgeführt werden konnten.
Im Zuge der 1956 durchgeführten Renovation erfuhr die Kirche namhafte bauliche Veränderungen durch den Anbau des Seitenschiffes, die Verlegung des Einganges von der Süd- auf die Westseite und die heutige Führung der Aussentreppe auf die Empore. Der Kirchturm erhielt eine neue Turmuhr und ein neues Geläute. Die Benützung der Kirche, die sich noch immer im Eigentum der Orsbürgergemeinde Schafisheim befand, durch die Kirchgemeinde Staufberg wurde in einem Mietvertrag geregelt.
2002 ging die Kirche gestützt auf einen Schenkungsvertrag von der Ortsbürgergemeinde an die Kirchgemeinde Staufberg als neue Eigentümerin über. Dies mit der Auflage, innert vier Jahren die notwendige Aussenrenovation durchzuführen.
Seit 1963 verfügt die Kirche über eine kleine einmaulige Orgel mit vier Registern.
Seit 1956 verfügt die Kirche Schafisheim über ein neues Geläute, welches aus den nachstehend genannten drei Glocken besteht:
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| Guss | Durchmesser | Gewicht | Schlagton |
| Nr. 1 | 1956 | 79 cm | 300 kg | C'' |
| Nr. 2 | 1956 | 66 cm | 165 kg | Es'' |
| Nr. 3 | 1956 | 59 cm | 110 kg | F'' |
Dieses Geläute löste ein früheres, aus zwei Glocken bestehendes ab. Dieses hatte der Schafisheimer Kirche seit 1498 während mehreren Jahrhunderten gedient. Anlässlich des Turmbaus war das kleine, aus der seinerzeitigen alten Kapelle stammende Glöcklein, zusammen mit einer neuen Glocke in den neu erbauten Turm aufgezogen worden.
Dem Schenkungsvertrag folge leistend hat die Kirchgemeinde Staufberg 2005 eine Baukommission beauftragt, die Kirche Schafisheim einer Renovation unterzuziehen.
Schlössli Schafisheim
Die Hugenottenfamilie Brüttel (in Frankreich verfolgte Protestanten) erwarb 1736 Herrschaft und Schloss mit der Kirche. Südlich des Schlosses baute sie ein Fabrikgebäude an, in welchem bedruckte Stoffe (Indienne) hergestellt wurden. 1803 erfolgte die besitzmässige Abtrennung des Schlosses.
1821 wurde das Fabrikgebäude mit Scheune und Kirche von Rudolf Baumann, Gemeinderat in Schafisheim, erworben. Er baute das Fabrikgebäude in ein Wohnhaus, das spätere Schlössli, um.
1968 verkaufte der letzte private Eigentümer, Samuel Hofmann, diese Liegenschaft an die Kirchgemeinde Staufberg. Diese richtete im Dachgeschoss einen kleinen Saal für kirchliche Anlässe ein, die übrigen Wohnungen blieben vermietet.
1980 wurde der Verein für Alterswohnungen (VAS) gegründet. Diesem schenkte die Kirchgemeinde 7/12 vom Gebäude und vom Grundstück. Im Umfang von 5/12 blieb sie Miteigentümerin. Aufgrund eines beidseitigen Beschlusses erfolgten dann 1984/85 Renovation und Umbau, nachdem das Gebäude zuvor unter kantonalen Denkmalschutz gestellt worden war. Seither beherbergt das Schlössli Schafisheim im Untergeschoss den für vielfältige Zwecke nutzbaren Schlösslisaal und im Erdgeschoss das Sitzungs- und das Unterrichtszimmer sowie das Büro des Pfarramtes.